Organy PGW Wody Polskie są organami właściwymi w sprawach gospodarowania wodami. Wody Polskie mogą dokonywać rozpoznania zanieczyszczenia w terenie, a także ustalać zakłady, które do danego zbiornika odprowadzają ścieki, dokonywać przeglądów pozwoleń wodno-prawnych pod kątem określonych w pozwoleniach wskaźników zanieczyszczeń. Ponadto zgodnie z art. 343 ust 6 ustawy Prawo wodne, jeżeli w toku kontroli zostanie ustalone, że zakład działa bez wymaganego pozwolenia wodnoprawnego, właściwy organ Wód Polskich może, w drodze decyzji, zakazać korzystania z wód przez zakład.
Z dniem 1 stycznia 2023 roku PGW Wody Polskie uruchomiły całodobowy telefoniczny numer dyżurny 22 470 10 01 mający na celu zapewnienie całodobowego monitoringu zagrożeń, wymiany informacji o wystąpieniu zagrożeń oraz zaistnieniu sytuacji kryzysowych w obszarze właściwości Państwowego Gospodarstwa Wodnego Wody Polskie
